日本各地の寺院は、寺院近在を中心とした檀家と呼ばれる信者を抱え、墓地を保有・管理しているものが多い（檀那寺）。これら小規模な寺院は、神社と異なり檀家以外には門を閉ざしている場合が一般的である。これは他国には見られない日本独特の形態であり、神道が「死」を忌むという観念（穢れ）の違いから一種の棲み分けが進んだ結果である。
一方、奈良や京都などにある著名な寺院は、信仰や観光の対象として広範囲に参拝客を集める。長い神仏習合の影響により神宮寺や、仏教の仏も祀る（正確には同一視、本地仏）とされる権現（熊野権現・山王権現など）の存在もあって祈願対象としての社寺の境は極めて曖昧である。神社仏閣などと言うこともある。
寺院も神社建築と同様、その多くは日本古来の木造建築である。しかし現代では、建築基準法や消防法の規定上、法定の規模を超える建物は鉄筋コンクリートとすることが義務化されており、昔のように大きな建物を木造とすることができない。そのため、大規模な寺院建造物には鉄筋コンクリート造が増えてきている。また、ビル形式の寺院も出現するなど概観のデザインも多様化しており、一目では仏教寺院と認識できないものも少なくない。また、寺院の伽藍配置や建物の用途、名称は、神社のように統一されておらず、宗派や各時代によって異なっている。